Sejarah bermula pada tahun 1992, saat Yayasan Bina Pertiwi Medan mendirikan lembaga kursus pendidikan komputer dengan nama IMC.

IMC saat itu menyelenggarakan pelatihan/kursus komputer dengan jangka waktu 3, 4, dan 6 bulan.

Dengan pelayanan yang memuaskan dan didukung oleh sumber daya manusia yang berkualitas, IMC cukup dikenal dan diminati oleh masyarakat Sumatera Utara sehingga lembaga ini berkembang pesat.

Melihat banyaknya minat masyarakat Sumatera Utara khususnya masyarakat Kota Medan untuk mendapat pelatihan di IMC serta didukung oleh pesatnya perkembangan teknologi informasi, maka pada tanggal 20 Maret 1994 IMC ditingkatkan menjadi program pendidikan Diploma 1 (D-1) dengan nama Microskills.

Microskills menjalin kerja sama dengan Microskills Singapura, National Computing Centre (NCC) dan London Chamber of Commerce and Industry (LCCI) United Kingdom, dalam bidang pendidikan sains komputer, akuntansi, manajemen, perpajakan, dan sekretaris.

Keberadaan Microskills ternyata cukup banyak mendapat sambutan dan dukungan dari masyarakat yang berminat mendalami teknologi informasi.

Hal ini dapat dilihat dari peningkatan jumlah mahasiswa dari tahun ke tahun dan permintaan tenaga kerja lulusan Microskills dari perusahaan-perusahaan.

Tanggapan yang positif terhadap Microskil mendorong pimpinan Microskills dan Yayasan Bina Pertiwi Medan untuk kembali meningkatkan lembaga pendidikan ini menjadi Sekolah Tinggi.

Pada tanggal 1 Agustus 1997, Microskills ditingkatkan menjadi Sekolah Tinggi Manajemen Informatika dan Komputer (STMIK) Mikroskil dengan Surat Keputusan Mendikbud No. 45/D/O/1997.

Pada awalnya, STMIK Mikroskil membuka program sarjana (S-1) Teknik Informatika dan program diploma 3 (D-3) Manajemen Informatika dan Komputerisasi Akuntansi, di samping program D-1 yang sudah ada sebelumnya.

Pada tahun 2000, STMIK Mikroskil membuka program sarjana (S-1) Sistem Informasi.

Dalam upaya peningkatan mutu dan sekaligus sebagai tolok ukur pendidikan yang telah dilaksanakan, pada tahun 2002, STMIK Mikroskil mengajukan akreditasi ke Badan Akreditasi Nasional Perguruan Tinggi (BAN-PT), dan pada tahun tersebut semua Jurusan/Program Studi telah "Terakreditasi".